AFLPOP, version 1.1

Logiciel d'assignation populationnelle basé sur des données AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism).

Référence : DUCHESNE, P., L. BERNATCHEZ. 2002. AFLPOP : A computer program for simulated and real population allocation based on AFLP data. Molecular Ecology Notes. 3, 380-383.

PAPA, version 2.0

Logiciel d’assignation et de simulation parentale. papa est destiné aux systèmes fermés i.e. dont tous les parents potentiels ont été génotypés. les assignations se font sur la base de couples parentaux. les fichiers parentaux structurés sont autorisés afin de représenter les conditions de reproduction en captivité.

Référence : DUCHESNE, P., M.-H. GODBOUT, L. BERNATCHEZ.. 2002. PAPA (Package for the Analysis of Parental Allocation) : A computer program for simulated and real parental allocation. Molecular Ecology Notes. 2, 191-194.

PASOS, version 1.0

Logiciel d’assignation parentale à utiliser en système ouvert i.e. lorsqu’une partie des parents n’a pas été génotypée. Outre les assignations, PASOS permet d’estimer la proportion de parents non collectés/génotypés ainsi que la probabilité d’exactitude des assignations via un simulateur intégré.

Référence : DUCHESNE, P., CASTRIC, T. L. BERNATCHEZ. 2005. PASOS (parental allocation of singles in open systems): A computer program for individual parental allocation with missing parents. Molecular Ecology Notes. 5: 701-704.

PERM, version 1.0

PERM est un Logiciel de permutation de données conçu de manière à détecter de possibles liens statistiques entre des structures de groupe et des facteurs de regroupement ou leurs corrélats. PERM propose un choix de quatre procédures : i) détecter un lien statistique entre une collection de groupes de spécimens et une relation binaire (« pairwise ») telle que Rxy, Mxy, appartenance à une même fratrie (« fullsibship ») ou à une demie fratrie (« halfsibship »; ii) Comparer les valeurs moyennes des groupes pour une quelconque mesure; iii) Détecter une possible connexion entre la structure observée de groupes et l’appartenance à une catégorie/population comme facteur de formation des groupes; iv) Déceler un lien statistique entre la formation de couples reproducteurs, et une relation binaire entre partenaires, e.g. la distance allélique pour un certain locus MHC.

Référence: DUCHESNE, P., C. ÉTIENNE, L. BERNATCHEZ. 2006. PERM: A computer program to detect structuring factors in meaningful social units. Molecular Ecology Notes. 6: 965-976.

POP-ASSIGN.XLS

Permet d'estimer le nombre minimal de loci pour l'assignation populationnelle.

Référence : BERNATCHEZ, L., P. DUCHESNE. 2000. Individual-based genotype analysis in studies of parentage and population assignment : how many loci, how many alleles ? Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences. 57:1-12.

PARENT-ASSIGN.XLS

Permet d'estimer le nombre minimal de loci pour l'assignation parentale.

Référence : BERNATCHEZ, L., P. DUCHESNE. 2000. Individual-based genotype analysis in studies of parentage and population assignment : how many loci, how many alleles ? Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences. 57:1-12.