Dr Nicolas Derome, professeur adjoint

Département de biologie
Pavillon Charles-Eugène-Marchand
1030, Avenue de la Médecine
Local 1255
Université Laval
Québec (Québec) G1V 0A6
Canada

Tél.: 1 418 656-7726
Téléc.: 1 418 656-2043
Courriel: Nicolas.Derome@bio.ulaval.ca

PROGRAMME DE RECHERCHE

L’objectif à long terme de mon programme de recherche est de prédire la réponse des communautés de microorganismes aux pressions de sélection dans des contextes de changements environnementaux naturels.

Notre connaissance des microorganismes a fait récemment des progrès bouleversants : tout d’abord, les microbes (dont 90% sont des bactéries) présentent une biomasse gigantesque, bien supérieure à celles des plantes et animaux réunis. Ensuite, de part leurs fonctions métaboliques diverses, les microorganismes jouent un rôle majeur dans la stabilité des écosystèmes. Enfin, ils ont des capacités de réaction extrêmement rapides faces aux changements de conditions environnementales. Par conséquent, à l’heure où le réchauffement global accélère la détérioration de nombreux écosystèmes, il apparaît crucial d’élucider les mécanismes d’adaptation de ces organismes, et de leurs impacts sur la stabilité des écosystèmes.

Cependant, nos connaissances des processus évolutifs qui structurent et maintiennent la diversité des communautés microbiennes est encore balbutiante. En effet, si le séquençage à haut débit d’échantillons d’ADN environnementaux a révélé l’existence de communautés microbiennes extrêmement complexes et diversifiées, en identifiant notamment de nouvelles « espèces » ou phylotypes, de nouveaux gènes et même des voies métaboliques inconnues, deux questions fondamentales demeurent. Tout d’abord, comment la sélection naturelle et les échanges génétiques façonnent l’émergence de nouvelles « espèces » écologiques (écotypes) ? Ensuite, comment celles-ci s’insèrent et interagissent avec les autres espèces de la communauté microbienne ?

Ces questions sont majeures car elles remettent en question deux piliers fondamentaux de la théorie de l’évolution Darwinienne : le concept d’espèce biologique, reposant sur la notion d’identité par descendance et le concept d’espèce écologique, reposant sur la relation unique entre une espèce et sa niche écologique.

PROJETS EN COURS

• Impact d’infections de pathogènes opportunistes sur la communauté microbienne en aquaculture de l’omble de fontaine (Salvelinus fontinalis).
• Dissection de l’architecture génétique de la réponse à la sélection en aquaculture chez l’omble de fontaine (Salvelinus fontinalis).

• Dissection de l’architecture génétique de l’isolement reproducteur et de la divergence adaptive entre les formes sympatriques du grand corégone (Coregonus clupeaformis Salmonidae) en combinant la cartographie génétique et l’analyse des profils d’expression de gènes.

• Bases génétiques de l’isolement post-zygotique chez le complexe /Drosophila simulans/, approche de génomique fonctionnelle.