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| L'ABAT
L’Action Boréale en Abitibi-Témiscamingue (président:
Richard Desjardins).http://www.actionboreale.qc.ca/ |
Canadian Rivers Institute
Recherche appliquée sur les riviêres.http://www.unb.ca/cri |
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COSEPAC
Comité sur le Statut des Espèces en péril au Canada .http://www.cosewic.gc.ca/index.htm |
EAU SECOURS
Coalition Québécoise pour une Gestion Responsable de l’Eau.http://www.eausecours.org/ |
Environnements Aquatiques Canadiens
Information sur la recherche, la conservation et la biodiversité aquatique au Canada.http://www.aquatic.uoguelph.ca/ |
| FONDATION DE LA FAUNE DU
QUÉBEC
Un organisme à but non-lucratif consacré au maintien de la
biodiversité au Québec.http://www.fondationdelafaune.qc.ca/ |
| GREMM
Le Groupe de recherche et d’éducation sur les mammifères
marins.http://www.gremm.org/ |
MRNFP
Richesses Naturelles et Faune du Québec.http://www.mrnfp.gouv.qc.ca/ |
RESCOUSSE
Une bière à la santé des espèces menacées.http://www.rescousse.qc.ca/ |
SCF
Environnement Canada.http://www.ec.gc.ca/ |
![[ HAUT DE PAGE ]](images/top_fr.gif){kind=small} |
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| Convention sur le Commerce
International des Espèces Menacées d’Extinction
http://www.cites.org/fra/index.shtml |
ESA
Loi Américaine sur les Espèces Menacées.http://endangered.fws.gov/esa.html |
| FAO
Organisation des Nations-Unies pour l’Alimentation et l’Agriculture.http://www.fao.org/index_fr.htm |
FISHBASE
Un site dédié à la biodiversité mondiale des poissons (28 100 espèces de poissons, 35 300 photos).http://www.fishbase.org/search.html |
| MONTERY BAY AQUARIUM, Seafood
watch
Pour un choix éclairé sur les fruits de mer et poissons que
l’on mange.http://www.mbayaq.org/ |
IUCN - The World Conservation Union
Organisme mondial promouvant la conservation de la nature et l’utilisation équitable des ressources.http://www.iucn.org/ |
| UNEP-WCMC Species Database
Espèces menacées dans le monde.http://www.unep-wcmc.org |
U.S. Fish and Wildlife Service (Endangered species list)
http://endangered.fws.gov/ |
| World Resources Institute
http://www.wri.org/ |
WWF
Fonds Mondial pour la Nature.http://www.wwf.ca/ |
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Céline
Audet
ISMER, l’Institut des Sciences de la Mer de Rimouski.Université du Québec à Rimouski, Québec, Canada http://www.pqm.net/ismer/index.html |
Dave J. Basley (david.basley@state.me.us)
Maine Department of Inland Fisheries and Wildlife
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Luciano Beheregaray
Dept. of Biological Sciences, Macquarie UniversitySydney, Australia http://www.bio.mq.edu.au/molecularecology/ |
Pierre Belhumeur
Université de Montréal, Québec, Canadahttp://www.microim.umontreal.ca/asp/Bottin/BottinPlus.asp?ID=50 |
| Jasminca Behrmann-Godel Universität Konstanz Limnologisches Institut http://www.uni-konstanz.de/fish-ecology/behrmann_godel.htm |
Pierre Blier
Université du Québec à Rimouski, Québec, Canada http://www.uqar.qc.ca/bcss/bio/Personnel/PBlier1.htm |
Edwin Bourget
Université de Sherbrooke, Québec Canada &Québec-Océan, Le Groupe interinstitutionnel de recherches océanographiques du Québec Université Laval, Québec, Canada http://www.usherbrooke.ca/ |
Peter Campbell
INRS, Eau, terre et environnementhttp://www.ete.inrs.ca/peter-gc-campbell |
François Caron (Francois.Caron@fapaq.gouv.qc.ca)
Ressources naturelles et Faune Québec (MRNF), Québechttp://www.fapaq.gouv.qc.ca/ |
| Martin Castonguay Institut Maurice Lamontagne Pêches et Océans Canada http://www.qc.dfo-mpo.gc.ca/iml/fr/intro.htm Martin.Castonguay@dfo-mpo.gc.ca |
| Maria Manuela Coelho Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa. Departamento de Biologia Animal http://ffishgul.fc.ul.pt |
Steeve Côté
Département de biologieUniversité Laval, Québec, Canada http://www.bio.ulaval.ca/accueil.aspx?tabid=166 Centre d’Études Nordiques (CEN) Université Laval, Québec, Canada http://www.cen.ulaval.ca/page.aspx?lien=index |
Patrice Couture
INRS Eau, Terre & Environnementhttp://www.ete.inrs.ca/patrice-couture |
Daniel Cyr
INRS-Institut Armand Frappier.http://www.iaf.inrs.ca/daniel-g-cyr |
Roy Danzmann
University of Guelph, ON, Canadahttp://www.uoguelph.ca/~rdanzman/ |
| Nicolas Derome Département de biologie, Université Laval http://www.bio.ulaval.ca/no_cache/departement/professeurs/fiche_des_professeurs/professeur/11/240/ |
| Mélanie Dionne Biologiste, Ministère des Ressources Naturelles et de la Faune, Québec, Qc melanie.dionne@mrnf.gouv.qc.ca |
Julian Dodson
Département de biologieUniversité Laval, Québec, Canada http://www.bio.ulaval.ca/accueil.aspx?tabid=167 CIRSA, Centre Interuniversitaire de Recherche sur le Saumon Atlantique Université Laval, Québec, Canada http://www.bio.ulaval.ca/cirsa/ |
Pierre Dumont (pierre.dumont@fapaq.gouv.qc.ca)
Ressources naturelles et Faune Québec (MRNF), Québechttp://www.fapaq.gouv.qc.ca/ |
Sigurd Einum
NINA Norwegian Institute for Nature Research, Norwayhttp://www.nina.no |
Dany Garant
Département de biologie, Université de Sherbrooke.http://www.usherbrooke.ca/biologie/recherche/ecologie/garant.html |
Gilles Gauthier
Département de biologieUniversité Laval, Québec, Canada http://www.bio.ulaval.ca/accueil.aspx?tabid=170 Centre d’Études Nordiques (CEN) Université Laval, Québec, Canada http://www.cen.ulaval.ca |
Helga Guderley
Département de biologieUniversité Laval, Québec, Canada http://www.bio.ulaval.ca/accueil.aspx?tabid=171 Québec-Océan, Le Groupe interinstitutionnel de recherches océanographiques du Québec Université Laval, Québec, Canada http://www.quebec-ocean.ulaval.ca/ |
| Robert Hanner Biodiversity Institute of Ontario & Department of Intergrative Biology, University of Guelph http://www.uoguelph.ca/~phebert/ |
Michael Hansen
Dannish Institute of Fisheries Research, Denmarkhttp://www.dfu.min.dk/ffi/mmh.htm |
Paul Hebert
Department of Intergrative Biology, University of Guelph, Guelph.http://www.uoguelph.ca/~phebert/ |
Kjetil Hindar
NINA Norwegian Institute for Nature Research, Norwayhttp://www.nina.no |
Jeffrey Hutchings
Department of Biology, Dalhousie university.http://biology.dal.ca/us/f/hutchings/hutchings.html |
Bjarni Jónsson
Institute of Freshwater FisheriesHolar, Iceland http://www.veidimal.is/ |
Tim King (tlking@usgs.gov)
Leetown Science Center, USGShttp://www.lsc.usgs.gov/ |
Roger Lévesque |
| Pierre Magnan Département de chimie-biologie, Université du Québec à Trois-Rivières http://www2.uqtr.ca/GREA/chercheurs.php?id=5 |
Yves Mailhot (yves.mailhot@fapaq.gouv.qc.ca)
Ressources naturelles et Faune Québec (MRNF), Québechttp://www.fapaq.gouv.qc.ca/ |
Richard Mayden
Département de biologieUniversité de Saint-Louis, MO, US http://bio.slu.edu/mayden/home.html |
Kristina Miller
Department of Fisheries and OceansPacific Biological Station, Nanaimo, B.C. Canada http://www.pac.dfo-mpo.gc.ca/sci/pbs/ |
| Marc Mingelbier Ressources Naturelles et Faune Québec, Service de la Faune Aquatique http://www.mrnf.gouv.qc.ca/ marc.mingelbier@mrnf.gouv.qc.ca |
Tor Naesje
NINA Norwegian Institute for Nature Research, Norwayhttp://www.nina.no |
| Michel Plante Parc National de la Mauricie http://www.pc.gc.ca/pn-np/qc/mauricie/index_F.asp michel.plante@pc.gc.ca |
Ciro Rico
Estacion Biologia de Donana, Sevilla, Espanahttp://www.ebd.csic.es/Website1/Zingles/inicio1.aspx |
François Shaffer (francois.shaffer@ec.gc.ca)
ISCF, Service Canadien de la FauneQuébec, Canada http://www.qc.ec.gc.ca/index.html |
Daniel Toussaint (Daniel.toussaint@fapaq.gouv.qc.ca)
Ressources naturelles et Faune Québec (MRNF), Québechttp://www.fapaq.gouv.qc.ca/ |
George Turner
Molecular Ecology and Fisheries Genetics LaboratoryUniverity of Hull, U.K. http://www.hull.ac.uk/biosci/staff/academic/MolecularEcologyandEvolution/GeorgeTurner.html |
Warwick Vincent
Département de biologieUniversité Laval, Québec, Canada http://www.bio.ulaval.ca/accueil.aspx?tabid=183 Centre d’Études Nordiques (CEN) Université Laval, Québec, Canada http://www.cen.ulaval.ca |
Asbjørn Vøllestad
Department of BiologyUniversity of Oslo http://www.bio.uio.no/akv/english/staff/biography/vollestad_Asbjorn.html |
Graham Wallis
Department of ZoologyUniversity of Otago, Dunedin, New Zealand http://www.otago.ac.nz/Zoology/staff/academic/wallis.html |
Henri Weimerskirch
CNRS, Centre d’Études Biologiques de Chizé, Francehttp://www.cebc.cnrs.fr/Fr_taaf/TAAF_col.html |
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Fred Allendorf
University of Montana, U.S.A.(Bibliography with more than 65 000 references) http://dbs.umt.edu/personnel/facultyasp/facultydrill.aspx?id=321 |
| Bernard Angers Département des Sciences Biologiques, Université de Montréal http://www.bio.umontreal.ca/profs/Angers/ |
Paul Bentzen
DFO Chair, Fisheries Resource ConservationDalhousie University, N.S. Canada http://biology.dal.ca/us/f/bentzen/bentzen.html |
Giacomo Bernardi
Molecular Ecology and Evolution of FishesUniversity of California, Santa Cruz, U.S.A. http://bio.research.ucsc.edu/people/bernardi/ |
| Michael Blouin Deaprtment of Zoology, Oregon State University http://oregonstate.edu/~blouinm/index.htm |
François Bonhomme
Génome, Populations Interactions AdaptationUniversité de Montpellier, France http://www.univ-montp2.fr/%7Egenetix/index.htm#thema |
Brian Bowen
Hawaii Institute of Marine Biology, U.S.A.http://www.hawaii.edu/HIMB/ |
Gary Carvalho
Molecular Ecology and Fisheries Genetics LaboratoryUniverity of Hull, U.K. http://www.hull.ac.uk/molecol/index.html |
Robert W. Chapman
South Carolina Department of Natural Resourceswww.marinegenomics.org |
Dan Heath
Great Lakes Institute for the Environment University of Winsdor, ON, Canada http://cronus.uwindsor.ca/units/glier/NewMain.nsf/inToc/560038DDEA988E2185256E5900527CC3 |
Andrew Hendry
Redpath MuseumMcGill University, Québec, Canada http://ww2.mcgill.ca/biology/faculty/hendry/ |
Bill Jordan
Senior Research FellowInstitute of Zoology, London, UK. http://www.zoo.cam.ac.uk/ioz/index.htm |
David Kingsley
Genome Evolution CenterStanford University, U.S.A. http://cegs.stanford.edu/index.jsp |
Michael Kinnison
University of Maine, U.S.A.http://biology.umaine.edu/ |
Tom Kocher
Hubbard Center for Genome StudiesUniversity of New Hampshire, U.S.A. http://hcgs.unh.edu/ |
Ben Koop
GRASP (Genomic Research on Atlantic Salmon Project)University of Victoria, B.C., Canada http://web.uvic.ca/cbr/grasp/ |
Axel Meyer
University of Konstanz, Germanyhttp://www.evolutionsbiologie.uni-konstanz.de/ |
Dr. Brian Neff
Department of BiologyUniversity of Western Ontario, ON, Canada http://www.uwo.ca/biology/Faculty/neff/index.htm |
Craig Primmer
Department of Biology at the University of Turku, Finlandhttp://users.utu.fi/primmer/ |
| Beren Robinson Deaprtment of Integrative Biology, University of Guelph http://www.uoguelph.ca/ib/faculty/faculty_robinson.shtml |
Daniel Ruzzante
Canadian Research Chair in Marine Conservation GeneticsDalhousie University, N.S., Canada http://biology.dal.ca/us/f/ruzzante/ruzzante.htm |
Dolph Schluter
University of British Columbia, B.C., Canadahttp://www.zoology.ubc.ca/~schluter/ |
Kim Scribner
Molecular Ecology LaboratoryMichigan State University, U.S.A. http://www.fw.msu.edu/people/ScribnerKim/ |
Eric Taylor
UBC Center for Biodiversity ResearchUniversity of British Columbia, B.C., Canada http://www.zoology.ubc.ca/~etaylor/index.html |
Filip Volckaert
Lab. Aquatische ecologie, Leuven, Belgiumhttp://cwisdb.cc.kuleuven.be/persdb-bin/persdb |
Robin Waples
Northwest Fisheries Science Center, U.S.Ahttp://www.nwfsc.noaa.gov/ |
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CERVUS
Kalinowski, ST, Taper, ML & Marshall, TC (2007) Molecular Ecology 16: 1099-1006.logiciel pour analyses d’apparentement avec des loci co-dominant. Les analyses comprennent trois stades séquentiels. Des similations peuvent être utilisées pour déterminer le pouvoir des loci. http://www.fieldgenetics.com/pages/aboutCervus_Overview.jsp |
COLONY
WANG J (2004) Sibship reconstruction from genetic data with typing errors. Genetics 166:1963-1979.Logiciel utilisant une méthode de maximum de vraisemblance pour assigner des individus dans des familles plein-frères à l’intérieur de familles demi-frères, en utilisant des marqueurs génétiques co-dominants. http://www.zoo.cam.ac.uk/ioz/software.htm#COLONY |
DELRIOUS
Stone J et Bjorkland M (2002) Molecular Ecology Notes.Estimation de degré d’apparentement (r) basée sur la méthode de Lynch M et Ritland K (1999) Mathematica. http://www.zoo.utoronto.ca/stone/DELRIOUS/delrious.htm |
IDENTIX
Bonhomme F, Castric V et Bernatchez L (2002) Molecular Ecology Notes.Analyse d’apparentement dans une population par méthodes de permutation. http://gepv.univ-lille1.fr/english/perso_pages_en/PagepersoVincent_c.htm |
KINGROUP
KONOVALOV DA, MANNING C and HENSHAW MT (2004) KINGROUP: a program for pedigree relationship reconstruction and kin group assignments using genetic markers Molecular Ecology Notes 4:779-782.Logiciel java “open source” qui utilise une méthode de maximum de vraisemblance pour la reconstruction de pedigree et de groupe apparenté. http://www.it.jcu.edu.au/kingroup |
KINSHIP
Goodnight’s software for population biologyTest de relation parentales par maximum de vraisemblance. Comprend un simulateur pour déterminer la signification statistique. http://www.gsoftnet.us/GSoft.html |
MER
Wang J (2002) Genetics 160:1203-1215.Estimation du coefficient d’apparentement entre individus à partir de marqueurs codominants. ré-échantillionnage sur loci pour quantifier l’écart-type autour des estimés. http://www.zoo.cam.ac.uk/ioz/software.htm/ |
PAPA
Duchesne P, Godbout M-H, L Bernatchez L (2002) Molecular Ecology Notes 2:191-194.Logiciel d’assignation parentale par maximum de vraisemblance. Inclut un simulateur pour estimer le succès d’assignation selon divers scénarios. http://www.bio.ulaval.ca/louisbernatchez/downloads_fr.htm |
PARENTÉ
Cercueil A, Bellemain e et Manel S (2002) Journal of Heredity 93: 458-459.logiciel pour analyses d’apparentement. http://www-leca.ujf-grenoble.fr/logiciels.htm |
PASOS
Duchesne P, Castric T et L Bernatchez (2005) Molecular Ecology Notes 5:701-704.Logiciel d’assignation parentale à utiliser en système ouvert, i.e. lorsqu’une partie des parents n’a pas été génotypée. Outre les assignations, PASOS permet d’estimer la proportion de parents non collectés/génotypés ainsi que la probabilité d’exactitude des assignations via un simulateur intégré. http://www.bio.ulaval.ca/louisbernatchez/downloads_fr.htm |
PEDIGREE
Herbinger C (2005).Logiciel visant à reconstruire le pedigree d’un groupe d’individus basé sur leur génotype, en l’absence complète d’information parentale. Il est possible de retrouver les liens de parenté dans une seule génération (plein-frères, demi-frères, non-reliés). De plus, PEDIGREE permet la reconstruction des génotypes parentaux ainsi que de tester si le pedigree obtenu est significatif. http://herbinger.biology.dal.ca:5080/Pedigree/ |
RELATEDNESS
logiciel de Goodnight en biologie des populationsPermet l’estimation du degré d’apparentement moyen entre pairs d’individus et la valeur moyenne au sein d’un groupe. http://www.gsoftnet.us/GSoft.html |
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ADMIX
Dupanloup I, et Bertorelle G (2001) MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 18: 672-675.Calcule le degré de mixité dans une population ou chez un groupe d’individus en référence à des populations parentales, utilise les fréquences alléliques ou la divergence moléculaire entre les allèles. http://cmpg.unibe.ch/software/admix/ |
AFLPOP
Duchesne P et Bernatchez L (2002) Molecular Ecology Notes 3:380-383.Logiciel d'allocation de population basé sur des données AFLP. Comprend un simulateur permettant de tester la probabilité de génotypes hybrides F1, F2 et BC. http://www.bio.ulaval.ca/louisbernatchez/downloads_fr.htm |
BAPS
Coriander J, Waldmann P et Sillanpää MJ (2003) Genetics 163:367-374Assignation baysienne pour déterminer le numbre de populations génétiquement distinctes. Traite les populations comme des unités, utilise à priori les coordonnées des sites d’échantillonnage dans l’analyse. http://www.rni.helsinki.fi/~jic/bapspage.html |
BAYESASS
Wilson GA et Rannalaa B (2003) Genetics 163:1177-1191.Estimation de taux de migrations récentes entre populations. http://www.rannala.org/labpages/software.html |
BAYES STOCK ADMIXTURE METHODS
Pella JM et Matsuda M (2001) Fishery Bulletin 99:151-167.Estimation bayesienne de composition de stocks mixtes. http://fishbull.noaa.gov/991/13.pdf |
DISTRUCT
Rosenberg NA ((2004) Molecular Ecology Notes 4:137-138Permet de représenter de façon graphique les résultats de Structure et ce avec des options additionnelles. http://rosenberglab.bioinformatics.med.umich.edu/software.html |
Family-Sim
Program written in C that will take an allele frequency file and use those data to generate a user-defined number of individuals of known relatedness.http://web.me.com/tfrasier/Frasier_Lab/Software.html |
GENECLASS
Cornuet J-M, Piry S, Luikart G, Estoup A et Solignac M (1999) Genetics 153:1989-2000.Méthodes bayesienne de fréquence et d’exclusion d’assignation populationnelle. http://www.montpellier.inra.fr/URLB/ |
HYBRIDLAB
Nielsen EE, Hansen MM et Bach LA (2001) Conservation genetics 2:219-232.Simulateur d’individus hybrides basés sur données multi-locus. http://www.blackwell-synergy.com/doi/pdf/10.1111/j.1471-8286.2006.01433.x |
IMMANC
Rannala B et Mountain JL (1997) PNAS 94: 9197-9201. Détection d’immigrants en utilisant les génotypes à plusieurs loci. http://www.rannala.org/labpages/software.html |
LEA
Chikhi L, Bruford MW et Beaumont MA (2001). Genetics 158:1347-1362.Logiciel pour estimer le degré de mélange génétique. http://www.rubic.rdg.ac.uk/%7Emab/software.html |
NEWHYBRIDS
Anderson EC et ThompsonEA (2002) Genetics 160:1217-1229.Distribution a posteriori de différentes catégories d’hybrides entre 2 populations. Marqueurs dominants et co-dominants. http://ib.berkeley.edu/labs/slatkin/eriq/software/software.htm |
PARTITION
Belkhir K et KJ Dawson KJ (2001) Genetical Research 78:59-77.Détection de structure. Méthode d’assignation populationnelle. http://www.univ-montp2.fr/%7Egenetix/#programmes |
SPAM
Devebec EM, Gates RB, Masuda M, Pella J, Reynolds J et Seeb LW (2000) Journal of Heredity 91:509 - 510.Estimation de contributions relatives de diférentes populations à un échantillon mixte. http://www.cf.adfg.state.ak.us/geninfo/research/genetics/software/spampage.php |
STRUCTURE
Pritchard JK, Stephens M et Donnelly P (2000) Genetics 155:945-959.Estimation de génotypes individuels mixtes, assignation populationnelle, Groupement de populations (k). http://pritch.bsd.uchicago.edu/software.html |
STRUCASSIGN
Manel S, Luikart G et Cornuet J-M (2002) Conservation Biology 16:650-659.Modifie les assignations de STRUCTURE pour inclure la méthode “leave-and-out” et comparaison avec GENECLASS. *** Available from the authors at request *** |
WHICHRUN
Banks MA et Eichert W (2000) Journal of Heredity 91:87-89.Logiciel d’assignation populationnelle à partir de génotypes multi-locus. http://www-bml.ucdavis.edu/whichrun.htm |
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AFLP-SURV
Vekemans X, Beauwens T, Lemaire M, Roldan-Ruiz I (2002) Molecular Ecology 11:139-151 Logiciel qui estime la diversité génétique et la structure génétique entre des populations pour des données de AFLP et RAD; calcule des matrices de distance génétique entre des populations. http://www.ulb.ac.be/sciences/lagev/aflp-surv.html |
ARLEQUIN
Schneider S, Roessli D et Excoffier L (2000) University of Geneva, SwitzerlandLogiciel pour l’analyse de la génétique des populations, incluant la différentiation génétique et analyse de variance moléculaire. http://lgb.unige.ch/arlequin/ |
BARRIERS 2.2
Manni F, Guérard E and Heyer E (2004) Human Biology 76:173-190Définit des barrières géographiques à partir d’une matrice de distance. Utilise l’algorithme monmonnier pour détecter des barrières avec des données génétiques, morphologiques et linguistiques. http://www.mnhn.fr/mnhn/ecoanthropologie/software/barrier.html |
BOTTLENECK
Cornuet J-M et Luikart G (1997) Genetics 144:2001-2014. Logiciel pour la détection d’une réduction récente de la taille effective des populations. http://www.montpellier.inra.fr/URLB/ |
COLONISE 1.0
Gaggiotti OE, Brooks SP, Amos W and Harwood J (2004) Molecular Ecology 13: 811-825Logiciel pour l’étude des événements de colonisation dans des populations naturelles. Détermine la composition des nouvelles populations et fait des inférences à propos des facteurs qui ont influencés les individus à établir une nouvelle population. http://www-leca.ujf-grenoble.fr/logiciels.htm |
CONVERT
Glaubitz JC (2004) Molecular Ecology Notes 4:309-310Logiciel permettant de convertir des données de génotypes diploïdes d’un logiciel d'analyse à l’autre. http://www.agriculture.purdue.edu/fnr/html/faculty/Rhodes/Students%20and%20Staff/glaubitz/software.htm |
DIVAGE
Bertorelle G et Rannala B (in Press) PNAS.Estimation de temps de divergence entre des populations par la méthode de maximum de vraisemblance. http://web.unife.it/progetti/genetica/Giorgio/giorgio_soft.html |
DnaSP
Rozas J et Rozas R () Bioinformatics 15: 174-75.Logiciel pour l’analyse de données de polymorphisme nucléotidique en génétique des populations, tests de neutralité. Estime les intervalles de confiance de certaines statistiques par modèle de coalescence. http://www.ub.es/dnasp/ |
EASYPOP
Balloux F, Brünner H, Lugon-Moulin N, Hausser J et Goudet J (2000) Evolution 54:1414-1422Logiciel de simulations en génétique des populations. http://www.unil.ch/dee/page6759.html |
FORMATOMATIC
Manoukis NC (2007) Molecular Ecology Notes 7:592-593.Logiciel permettant de convertir des données de génotypes diploïdes de différents formats communs en génétique des populations. http://taylor0.biology.ucla.edu/manoukis/Pub_programs/Formatomatic/ |
FSTAT
Goudet J (1995). Journal of Heredity 86: 485-486.Un logiciel pour l’estimation de la diversité et de la différentiation génétique avec des marqueurs co-dominants. http://www.unil.ch/dee/page6759_fr.html |
GDA- Genetic Data Analysis
v4.05
Logiciel pour les analyses de structure de populations, incluant la différentiation
génétique et autres statistiques de base.http://hydrodictyon.eeb.uconn.edu/people/plewis/software.php |
GENALEX 6
Peakall R, and Smouse P.E. (2006) Molecular Ecology Notes 6: 288–295.Macro Excel pour l'analyse de la structure génétique des populations. http://www.anu.edu.au/BoZo/GenAlEx/ |
GENELAND
Logiciel pour analyses de génétique
du paysage qui utilise les coordonnées géographiques des
individus et des données génétiques à plusieurs
loci pour estimer le nombre de populations dans un jeu de données
et définir l'organisation spatiale des populations. Fonctionne avec
le logiciel R.http://www.inapg.inra.fr/ens_rech/mathinfo/personnel/guillot/Geneland.html |
GENETIX
Belkhir K, Borsa P, Chikhi L, Raufaste N et Bonhomme F (1996-2002) GENETIX 4.04, logiciel sous Windows pour la génétique des populations. Logiciel pour les analyses des données génétiques des populations, incluant la différentiation génétique et les statistiques standards (e.g. hétérozygotie, fréquences alléliques). http://www.univ-montp2.fr/%7Egenetix/genetix/genetix.htm |
GENEPOP
Raymond M et Rousset F (1995) Journal of Heredity 86:248-249.Logiciel pour tests exacts sur données génétiques. http://genepop.curtin.edu.au/ |
GENGIS
Beiko, R., Whalley, J., Wang, S., Clair, H., Smolyn, G., Churcher, S., Porter, M., Blouin, C., & Brooks, S. (2008).Logiciel qui permet de combiner des données génétiques avec des cartes numériques. http://kiwi.cs.dal.ca/GenGIS/Main_Page |
GEODIS
Posada D, Crandall KA et Templeton AR (2000) Molecular Ecology 9:487-488.Logiciel pour les analyses « nested-clade » NCA. http://darwin.uvigo.es/software/geodis.html |
GESTE
Foll, M and Gaggiotti O (2006) Genetics 174: 875-891.Une méthode bayesienne pour évaluer l’effet de variables biotiques et abiotiques sur la structuration génétique des populations. http://www-leca.ujf-grenoble.fr/logiciels.htm |
IR_MACRO
Bill Amos Université de Cambridge.Cette Macro calcule différentes mesures d’hétérozygotie utile dans les analyses de corrélations hétérozygotie-fitness. http://www.zoo.cam.ac.uk/zoostaff/amos/ |
MCLEEPS
Anderson EC et Thompson EA (2000) GENETICS 156:2109-2118. Une méthode temporelle pour estimar Ne qui utilise une approche par maximum de vraisemblance. http://www.stat.washington.edu/thompson/Genepi/Mcleeps.shtml |
MDIV
Nielsen R Wakeley J (2001) Genetics 158:885-896.méthode par coalescence pour estimer conjointement les taux de migration, le temps de divergence et la taille effective historique (Ne) à l’aide de données de séquences. http://www.binf.ku.dk/~rasmus/webpage/programs.html |
MicroM_test and Critical_M
Garza J, Williamson E (2001) Molecular Ecology, 10: 305–318.Utilise le Calcul du ratio entre le nombre d’allèle des microsatellites et leur taille afin de détecter des réductions de tailles effectives de populations. http://swfsc.noaa.gov/textblock.aspx?Division=FED&id=3298 |
Microsatellite analyzer (MSA)
Dieringer D et Schlötterer C (2003) Molecular Ecology Notes 3:167-169.Logiciel pour manipuler de gros fichiers de données microsatellite et pour éviter l’introduction d’erreurs due au reformatage. calcule les statistiques descriptives usuelles et produit des fichiers pour usage dans d’autres logiciels. http://i122server.vu-wien.ac.at/MSA/info.html/MSA_info.html |
MIGRATE
Beerli P et Felsenstein J (2001) PNAS 98:4563-4568. Une méthode basée sur la coalescence qui estime la taux de migration au sein d’une matrice des populations n et la taille effective des populations. http://evolution.genetics.washington.edu/lamarc/index.html |
MIGRLIB
Tufto J, Engen S et Hindar K (1996) Genetics 144:1911-1921.Logiciel permettant d'estimer le taux de migration à partir des fréquences de gènes. http://www.math.ntnu.no/~jarlet/migration |
MLNE
Wang J et Whitlock MC (2003) Genetics 163: 429-446.L’estimation simultanée du taux de migration et de la taille effective. http://www.zoo.cam.ac.uk/ioz/software.htm |
MULTSIM
Noor MAF, M. Pascual M et Smith KR (2000) Evolution 54:696-703.Détermination du nombre d’individus fondateurs d’une nouvelle population. http://www.biology.duke.edu/noorlab/multsim.html |
MSVAR0.4.1B.ZIP
Beaumont M (1999) Genetics 153:2013-2029.Un logiciel pour estimer l’expansion et le déclin démographiques passés des populations. http://www.rubic.rdg.ac.uk/%7emab/software.html |
NE ESTIMATOR
Molecular Fisheries Laboratory, Queensland, AustraliaMéthodes pour estimer la taille effective des populations. http://www2.dpi.qld.gov.au/fishweb/13887.html |
NEMO
Logiciel de simulation temporelle et stochastique de données génétiques individuelles pour l'étude de l'évolution, des traits phénotypiques et d'histoire de vie ansi que de génétique des populations, basé sur des modèles flexibles de (méta-)populations.http://nemo2.sourceforge.net/ |
NUCLEODIV
Holsinger KE et Mason-Gamer RJ (1996) Genetics 142:629-639.Analyse hiérarchique de diversité nucléotidique entre des populations. Illustre la structure de populations par dendrogrammes. http://darwin.eeb.uconn.edu/#software |
PCAGEN
Goudet J (1999) Université de Lauzanne.Analyse en composantes principales à partir de données de fréquences de gènes. http://www.unil.ch/Jahia/site/dee/op/edit/pid/36924 |
POPGENE
Yeh F, Yang R et Boyle T (2001) University of AlbertaAnalyse de la variation génétique intra- et inter-populations. http://www.ualberta.ca/~fyeh/index.htm |
RSTCALC
Goodman SJ (1997) Molecular Ecology 6:881-885. Estimation de Rst et de messure de confiiance par bootstrap. http://helios.bto.ed.ac.uk/evolgen |
SalmonNb
Waples R.S., Masuda M. and Pella J. (2007) Molecular Ecology Notes 7: 21-24.Estime la taille effective des populations chez les salmonidés utilisants des données génétiques temporelles. ftp://ftp.afsc.noaa.gov/Sida/SalmonNb/ |
SAMOVA
Dupanloup I, Schneider S, Excoffier L (2002) Molecular Ecology 11:2571-81.Analyse de structure de populations qui intègre les coordonnées géographiques des sites d’échantillonnage (AMOVA spatiale). http://web.unife.it/progetti/genetica/Isabelle/samova.html |
SPAGEDI
Hardy OJ et Vekemans X (2002) Molecular Ecology Notes 2:618-620.Un logiciel pour l’analyse spatiale des patrons de diversité génétique. http://www.ulb.ac.be/sciences/ecoevol/spagedi.html |
Allele permutation test (in
SPAGEDI)
Hardy OJ, Charbonnel N, Fleville H et Heueurtz M (2003) Genetics 163: 1467-1482.Un test permettant de déterminer la signification de Rst et Fst (mutation vs. dérive) pour la différentiation des populations. http://www.ulb.ac.be/sciences/ecoevol/spagedi.html |
TESS
François O., Ancelet S. and Guillot G. (2006) Genetics 174: 805-816.Logiciel d'analyses bayesiennes de regroupement pour l'analyse de la structure génétique spatiale des populations. http://www-timc.imag.fr/Olivier.Francois/tess.html |
TFPGA
Mark Miller (1997) Utah State UniversityDiverses analyses en génétique des populations. http://bioweb.usu.edu/mpmbio/index.htm |
TM3
Berthier P, Beaumont MA, Cornuet J-M et Luikart G (2002) Genetics 160:741-751L’estimation de la taille effective par maximum de vraisemblance (par la méthode temporelle). http://www.rubic.rdg.ac.uk/%7emab/software.html |
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ARCHAEOPTERYX
Java application for the visualization of annotated phylogenetic trees.http://www.phylosoft.org/archaeopteryx/ |
BEAST
Drummond AJ Nicholls GK Rodrigo AG et Solomon W (2002) Genetics 161:1307-1320. Analyses MCMC Bayesienne de séquences moléculaires, avec utilisation d’une horloge moléculaire (OS X, Win, Java). http://evolve.zoo.ox.ac.uk/beast/ |
BIOEDIT
Hall TA (1999) Nucl. Acids. Symp. Ser. 41:95-98Éditeur de séquences. http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html |
CLUSTALX
Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F, Jeanmougin F et Higgins DG (1997) Nucl. Acids Res. 25 : 4876-4882.Alignement de séquences. http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html |
DAMBE
Xia X et Xie X (2001) Journal of heredity 92:371-373.Alignement de séquences, phylogénie (distance, maximum de vraisemblance, parcimonie) et représentation graphique des arbres phylogénétiques. http://dambe.bio.uottawa.ca/software.asp |
HYPHY
Kosakovsky Pond SL, Frost SDW et Muse SV (2005) Bioinformatics 21:676-679. logiciels pour analyses de maximum de vraisemblance de données génétiques de séquences avec outils pour tester diverses hypothèses statistiques (OS X, Win, UNIX). http://www.hyphy.org/ |
MEGA
Kumar S, Tamura K et Nei M (1993) MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis, version 1.01. The Pennsylvania State University, PA.Phylogénie : distance, maximum de vraisemblance, parcimonie. http://www.megasoftware.net/ |
MESQUITE
Maddison WP et Maddison DR (2003) Mesquite: A modular system for evolutionary analysis, version 1.0.Logiciel divisé en modules pour des analyses phylogénétiques, analyses de génétique de population et analyses multivariées de données non-phylogénétiques. http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html |
MODELTEST
Posada D et Crandall KA (1998) Bioinformatics 14:817-818.Sélection du modèle de substitution de l’ADN qui représente le mieux les données, parmi un choix de 56 modèles possibles. Ceci est effectué à l’aide d’une série de tests hiérarchiques basés sur le ratio de vraisemblance et le critère AIC. http://inbio.byu.edu/Faculty/kac/crandall_lab/Computer.html |
MRBAYES
Huelsenbeck JP (2000) MrBayes : Bayesian inferences of phylogeny (software). University of Rochester, NY.Phylogénie par estimation bayesienne. http://mrbayes.csit.fsu.edu/index.php |
PAML
Yang Z (1997) CABIOS 13:555-556.Analyses phylogénétiques pour des séquences d’ADN ou protéines par la méthode de maximum de vraisemblance. http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html |
PAUP
Swofford DL (2000) PAUP*: Phylogenetic analysis using parsimony and other methods (software). Sinauer Associates, Sunderland, MA.Phylogénie : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. http://www.sinauer.com/detail.php?id=8060 |
PAUPRat
Sikes DS et Lewis PO (2001) beta software, version 1Logiciel qui génère des fichiers batch pour PAUP* pour faire des recherche ratchet. stratégie efficace pour troupver l’arbre le plus court pour des ensemble de données trops larges pour les recherches de type heuristique (Mac, Win, UNIX). http://www.ucalgary.ca/~dsikes/software2.htm |
PHYLIP
Felsenstein J (1993) PHYLIP (Phylogeny Inference Package) version 3.5c. Department of Genetics, University of Washington, Seattle.Phylogénie : distance, parcimonie, maximum de vraisemblance. http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html |
POPULATIONS
Langella O (2001).Logiciel qui calcule des arbres phylogénétiques au niveau individuel ou populationnel à partir de plusieurs estimateurs de distance génétique; plusieurs options de ré-échantillonnage ; accepte les formats GENEPOP et GENETIX. http://bioinformatics.org/project/?group_id=84 |
PROSEQ
Filatov DA (2002) Molecular Ecology Notes 2:621-624Permet de visualiser les chromatogrammes. Édition de séquences (alignement), importation et exportation des séquences en différents formats, analyses de génétique de population, analyses phylogénétiques. http://helios.bto.ed.ac.uk/evolgen/filatov/proseq.html |
SplitsTree4
Huson DH et Bryant D (2006) Molecular Biology and Evolution 23:254-267.Méthodes d'analyses de l'évolution moléculaire utilisant arbres et réseaux phylogénétiques. http://www.splitstree.org/ |
TCS
Clement M, Posada D et Crandall K (2000) Molecular Ecology 9:1657-1660.Création d’un fichier contenant des séquences uniques (collapse les séquences), réseau d’haplotypes (parcimonie statistique). http://inbio.byu.edu/Faculty/kac/crandall_lab/Computer.html |
TRACER
Rambault A et Drummond A Logiciel pour analyser les résultats provenant de Logiciels d'analyse Baysiens de MCMC comme BEAST & MrBayes. (OS X, Win, Java). http://evolve.zoo.ox.ac.uk/software.html?id=tracer |
TREEVIEW
Page RDM (1996) Computer Applications in the Biosciences 12:357-358.Représentation graphique d’arbres phylogénétiques. http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html |
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ASREML
Logiciel statistique construit pour employer des modèle linéaires mixtes à l’aide d’une approache de maximum de vraisemblance restreinte. Utile pour l’emploi de « modèles animal ».http://www.vsni.co.uk/products/asreml/ |
Carthagene
Bouchez M, Chabrier P, de Givry S, Gaspin C et Schiex T.Construction des cartes génétiques, peut traiter plusieurs types de marqueurs/ familles (PC) http://www.inra.fr/bia/T/CarthaGene/ |
Gmendel
Liu BH et Knapp SJ (1990) Journal of Heredity 81: 407Construction d’une carte génétique et analyse Mendélienne des phénotypes. L’ordre des loci est calculé par des méthodes de ré-échantillonnage (Monte Carlo et Bootstrap). (PC) http://cropandsoil.oregonstate.edu/G-mendel/Default.htm |
Mapmaker/EXP / Mapmaker/QTL
Lander et al. (1987) Genomics 1:174-181Analyse de cartographie pour des marqueurs dominants et co-dominants. Cartographie des QTL avec MAPMAKER/QTL. (PC et Mac) ftp://ftp-genome.wi.mit.edu/distribution/software/mapmaker3 |
LinkMFex
Danzmann RGAnalyses de liaison pour des familles « outcross » avec des paramètres pour tenir compte des difference de recombinaison entre le mâle et femelle. (PC) http://www.uoguelph.ca/~rdanzman/software/LINKMFEX/ |
MapDisto
Lorieux MMacro Excel pour la cartographie des marqueurs génétiques. Des estimés de la fraction de recombinaison sont proposés dans les cas d’une distorsion de ségrégation. (PC et Mac) http://mapdisto.free.fr/index.html |
PEST / VCE
Groeneveld EEstimés de (co)variance génétique des phénotypes : héritabilité, corrélation génétique et EBV (valeur estiméé d’élévage). Plusieurs types de familles sont applicables. (PC) http://www.tzv.fal.de/~eg/ |
Qgene
Nelson JC (1997) Mol. Breed. 3: 239-245.Analyses des marqueurs génétiques et traits phénotypiques des familles de cartographie. (Mac) http://www.qgene.org/ |
QTL Cartographer
Basten CJ, Weir BS et Zeng ZB (2002) QTL Cartographer, Version 2.0 (Dec15). Department of Statistics, North Carolina State University, Raleigh, NC.Un logiciel trés puissant pour les analyses de QTL. La version Windows permet également d'importer/exporter les données en plusieurs formats. Un utilitaire graphique permet la présentation de figures. Plusieurs méthodes QTL possibles: simple marqueur, analyse intervalle (Composite, Bayesienne, Multiple), analyse de phénotypes multiples. http://statgen.ncsu.edu/qtlcart/WQTLCart.htm |
QTL express
Seaton G, Haley CS, Knott SA, Kearsey M et Visscher PM (2002) Bioinformatics 18:339-340.Analyses des QTL avec les familles « outbred ». Permettre des analyses de permutation pour le niveau de signifiance et les analyses bootstrap pour estimer un taux de confiance pour les QTL. (PC et Mac) http://qtl.cap.ed.ac.uk/ |
QTX
Manly KF, Cudmore Jr RH et Meer JM (2001) Mammalian Genome 12:930-932.Analyses QTL parmi des méthodes de régression simple locus, analyses simples et composite intervalle, et font la recherché pour les interactions entre les QTL. (PC et Mac) http://www.mapmanager.org/mmQTX.html |
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Animal Genome Size Database
Base de données sur la taille du génome de plusieurs espèces animales.http://www.genomesize.com |
Bgee
Base de données axée sur l'étude de l'évolution de l'expression des gènes en utilisant l'homologie des structures anatomiques de différentes espèces.http://bgee.unil.ch/bgee/bgee |
Bioinformatics journal - Next Generation Sequencing Tools list
Liste d'outils développés pour les applications Next Generation Sequencing et régulièrement mise à jour.http://www.oxfordjournals.org/our_journals/bioinformatics/nextgenerationsequencing.html |
Blast2go
Outil universel d'annotation, de visualisation et d'analyse d'ontologie pour la recherche en génomique fonctionnelle.http://www.blast2go.org/ |
CLC Genomic Workbench (CLC bio)
Logiciel puissant et intégré d'analyse de données issues des technologies de séquençage massif.http://www.clcbio.com/index.php?id=1240 |
EMBL-EBI Portal (European Bioinformatic Institute)
Base de données biologiques (nucléotides, protéines, réseaux d’interactions moléculaires).http://www.ebi.ac.uk/Databases/ |
GeneOntology
Dictionnaire proposant un vocalulaire contrôlé pour les organismes et et les gènes et les protéines des cellules.http://www.geneontology.org/ |
goldMiner
goldMINER automatise l’annotation fonctionnelle de séquences
locales ou distantes inconnues (ESTs et autres) selon la banque de donnée
CDD (Conserved-Domain Database), laquelle importe et valide les classifications
fonctionnelles de pFAM, SMART, COG, etc. Xuhua, X. Université d’Ottawa.http://dambe.bio.uottawa.ca/goldminer.asp |
Kegg Pathway Database
Connaissances actuelles des réseaux d’interactions moléculaires, incluant les voies métaboliques, les voies régulatrices et les complexes moléculaires.http://www.genome.jp/kegg/pathway.html |
NCBI
Base de données biologiques (nucléotides, protéines, taxonomie), outils bioinformatiques et portail GenBank.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ |
Reactome
Projet issu d’une collaboration entre Cold Spring Harbor Laboratory, The European Bioinformatics Institute et The Gene Ontology Consortium pour développer une banque standardisée de réactions en biologie humaine.http://www.reactome.org/ |
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ArcWeb Services
Outil de recherche pour trouver des coordonnées géographiques dans le monde.http://arcweb.esri.com/services/placefinder/index.jsp |
Canadian Geographical Names Service (CGNS)
Outil de recherche pour trouver des coordonnées géographiques au Canada.http://gnss.nrcan.gc.ca/ |
C-Squares
Système pour entreposer, interroger et montrer la localisation de données spatiales.http://www.marine.csiro.au/csquares/ |
Geographic Names Information System (GNIS)
Outil de recherche pour trouver des coordonnées géographiques aux États-Unis.http://geonames.usgs.gov/ |
Pathmatrix
Ray, N. (2005). Molecular Ecology Notes, 5, 177-180.Outil permettant la construction de matrices de distances géographiques tenant compte du paysage et employant un algorithme basé sur le déplacement associé au moindre coût. Ce Logiciel vise à étudier le rôle de l’environnement sur la structure génétique spatiale des populations. http://cmpg.unibe.ch/software/pathmatrix |
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Abréviations - Des noms de
journaux scientifiques
Liste des noms des journaux scientifiques et abréviations de leurs
noms.http://www.bioscience.org/atlases/jourabbr/list.htm |
Allelogram
Logiciel pour normaliser et sectionner des génotypes microsatellite. Page web de Manaster. http://s92417348.onlinehome.us/index.html |
Applications - Système
canadien de référence spatiale
Utilitaires en ligne du Service canadien de référence pour
convertir des coordonnées géographiques (divers formats).http://www.geod.nrcan.gc.ca/apps/index_f.php |
Conversion Programs
Convertit les fichiers .fsa produits par un analyseur ABI® pour usage entre les plates-formes Macintosh et PC platforms. (Mac)http://www.elimbio.com/file_conversion.htm |
Dropout
McKelvey, K.S. et Schwartz, M.K. (2005). Molecular Ecology Notes, 5, 716-718.Logiciel fonctionnant sous Windows et qui identifie les locus et les échantillons dotés vraisemblablement d’erreurs de génotypage, dans un contexte de capture-marquage-recapture. http://www.fs.fed.us/rm/wildlife/genetics/ |
FREENA
CHAPUIS MP, ESTOUP A (2006) Microsatellite null alleles and estimation of population differentiation. Mol Biol Evol advanced online publication, December 5.Logiciel qui estime les fréquences des allèles nuls pour chaque locus et population de même que des Fst non-biaisés. Le Logiciel produit aussi un jeu de données corrigé pour les allèles nuls. http://www.montpellier.inra.fr/URLB/ |
Identity 1.0
Wagner, H.W. et Sefc, K.M. (1999). Centre for Applied Genetics, University of Agricultural Sciences, Vienna.Logiciel fournissant différentes statistiques aux marqueurs microsatellites (mesures de diversité génétique, etc), facilite l’identification de génotypes identiques (ex. contexte CMR) et permet la détection de potentielles relations parents-enfants. http://www.boku.ac.at/zag/forsch/identity.htm |
ImageJ
Abramoff MD, Magelhaes PJ et Ram SJ (2004) Biophotonics International 11:36-42.Processeur d’images Java. http://rsb.info.nih.gov/ij/ |
MARK
White, G.C. et Burnham, K.P. (1999). Bird Study (Supplement), 46, 120-138.Logiciel fonctionnant sous Windows et qui permet un grand nombre d’analyses sur des données provenant d’individus marqués. Un manuel complet décrivant l’ensemble des applications du logiciel est disponible en ligne et facilite grandement la compréhension des différentes options. http://www.phidot.org/software/mark/docs/book/ |
Micro-Checker
Van Oosterhout, C., Hutchinson, W.F., Wills, D.P.M. et Shipley, P. (2004). Molecular Ecology Notes, 4, 535-538.Logiciel fonctionnant sous Windows et qui identie et corrige pour plusieurs types d’erreurs de génotypage dans un jeu de données microsatellites appliquées aux populations diploïdes. http://www.microchecker.hull.ac.uk/ |
PAST
Hammer Ø, Harper DAT et Ryan DP (2004)PAST est un logiciel d’analyse de données facile à utiliser qui effectue des statistiques usuelles, des graphiques et de la modélisation (PC). http://folk.uio.no/ohammer/past |
Statistiques pour la genetics - packages R
Packages R implémentant des méthodes algorithmes pour l'analyse de données génétiques de populations.http://lib.stat.cmu.edu/R/CRAN/web/views/Genetics.html |
PGDSpider
Lischer HEL and Excoffier L (2012)Outil de conversiton automatique de données de génétique et génomique http://www.cmpg.unibe.ch/software/PGDSpider/ |
Readseq
D.G. Gilbert, 2.1.30 (12-May-2010)Biosequence conversion tool http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi |
Sequence Analysis ©Informagen 2005Application Java application pour faire des analyses simples sur des séquences moléculaires (ex., comparaison deux-à-deux, optimisation d’amorces, restrictions, etc…). (OS X) http://informagen.com/SA/ |
Termium
Banque de données linguistiques et terminologique du Gouvernement du Canada. Recommandé pour vos travaux de traduction.http://www.termium.com/site/termium.php?lang=fra&cont=001 |
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Bagel
Townsend, J.P., and D.L. Hartl. 2002. Bayesian
analysis of gene expression levels: statistical quantification of relative
mRNA level across multiple
strains or treatments. Genome Biology 3 (12): research0071.1-0071.16.Analyse bayesienne de resultants de bio-puces. http://web.uconn.edu/townsend/software.html |
Bioconductor (LIMMA)
Gentleman, Rossini, Dudoit et Hornik (2003)Analyse des données de bio-puces, analyse de données génomiques (séquences, SAGE, SNP). http://www.bioconductor.org/ |
Cluster / Treeview
Eisen, MB, Spellman, PT, Brown, PO et D. Botstein. (1998)PNAS 95:14863 Paire de Logiciels permettant l’analyse de données groupées (cluster analysis) d’une série d’expérience de bio-puces et la visualisation des résultats de ces analyses. http://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm |
David/EASE
Glynn Dennis Jr., Brad T. Sherman, Douglas A. Hosack, Jun Yang, Michael
W. Baseler, H. Clifford Lane, Richard A. Lempicki. DAVID: Database for
Annotation, Visualization, and Integrated Discovery. Genome Biology 2003
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ErmineJ: Tool for functional analysis of gene expression data setsHomin K Lee, William Braynen, Kiran Keshav and Paul Pavlidis BMC Bioinformatics 2005, 6:269. Analyse de données de bio-puces permettant la mise en évidence de relations entre les gènes dont le niveau d’expression diffère de façon significative. http://microarray.genomecenter.columbia.edu/ermineJ/ |
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Maanova
Wu H, Kerr MK, Cui X et Churchill GA (2002) Chapitre du livre The analysis of gene expression data: methods and software. Visualisation et transformation de données de bio-puces, choix de modèles pour l’analyse de variance, tests statistiques avec permutations, intervalles de confiance, analyse groupée (cluster analysis). http://www.jax.org/staff/churchill/labsite/software/ |
Onto-Express
Draghici, S., Khatri, P., Martins, R. P., Ostermeier, G. C., and Krawetz,
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functional profiling of gene expression. Genomics, 81: 98–104,
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Tusher, Tibshirani et Chu (2001) PNAS 98: 5116-5121.Analyses pour données de bio-puces. Tests de t modifiés et permutations. http://www-stat.stanford.edu/~tibs/SAM/ |
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Scanalyse
Eisen M (2002)Traitement d’images .TIFF de bio-puces: cadrage semi-automatique, analyse sophistiquée des points. Permet le transfert des données vers des logiciels d’analyse ou des bases de données. http://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm |
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Dudoit S, Yang YH, Callow M et Speed T (2000) Rapport technique.Groupe de fonctions programmées dans R pour l’analyse statistique des données de plusieurs bio-puces. http://stat-www.berkeley.edu/users/terry/zarray/Software/smacode.html |
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Ideker T, Thorsson V, Siegel AF et Hood L (2000) Journal of Computational Biology 7:805-817Estime, à partir des données d’expériences répétées sur plusieurs bio-puces, les paramètres d’un modèle d’erreur et les utiliser pour améliorer la précision des ratios de niveaux d’expression. http://db.systemsbiology.net/software/VERAandSAM/ |
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